С 1767 года, по указу Екатерины II, в монастыре была создана тюрьма (арестантское отделение).
С 1829 года в тюрьму стали заключать лиц только духовного звания, а также раскольников и сектантов. В тюрьме сидели представители скопчества, молокан, прыгунов, хлыстов, в 50-х годах XIX в. четыре старообрядческих архиерея.
В 1923 году большевики организовали в закрытом ими монастыре политический изолятор для идейных противников советской власти.
В монастыре чекисты проводили расстрелы
С 1940 по 1946 год на территории монастыря находились военные: вначале интернированные офицеры чешского легиона бывшей польской армии, затем солдаты и офицеры Красной армии, которые проходили проверку после пребывания в плену и окружении противника.
Позднее в лагерь стали поступать военнопленные немецкой армии из разгромленной под Сталинградом группировки фельдмаршала Ф. Паулюса.
Летом 1943 года более двух месяцев в одном из корпусов содержался сам Ф. Паулюс.
После закрытия офицерского лагеря для военнопленных, с 1946 по 1967 годы, на территории монастыря размещались трудовые и воспитательные колонии для несовершеннолетних.
В монастыре в одноэтажном здании XVIII в. в северной части расположен музей Суздальская тюрьма
Известные заключенные (Российская империя, с 1767 по 1905):
